A inclusão da variável ambiental no âmbito das ações de criação e promoção do desenvolvimento sustentável dos assentamentos da reforma agrária indica mudança significativa na forma de atuação Incra. Os elementos orientadores desta política são o respeito às diversidades ambientais, a promoção da exploração racional e sustentável dos recursos naturais e a utilização do sistema de licenciamento como instrumento de gestão ambiental dos assentamentos. Os procedimentos foram definidos pela Resolução nº 289/2001, do Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama), que estabelece diretrizes para o licenciamento ambiental de projetos de assentamento, visando ao desenvolvimento sustentável e à melhoria contínua na qualidade de vida dos assentados.

Além da legislação vigente, o Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA) e o Incra criaram os seguintes instrumentos para a proteção do meio ambiente:

• Portaria MEPF nº 88/99, que direciona as obtenções de terras incidentes nos ecossistemas Floresta Amazônica, Mata Atlântica, Pantanal e demais áreas ambientalmente protegidas para áreas já antropizadas;
• Portaria Incra nº 477/99, alterada pela Portaria nº 1038/02, que aprova a criação dos Projetos de Desenvolvimento Sustentável (PDS);
• Portaria Incra nº 627/87, que cria a modalidade de Projeto de Assentamento Extrativista (PAE);
• Portaria Incra nº 1141/03, que cria a modalidade de Projeto de Assentamento Florestal (PAF);
• Portaria Interministerial MDA/MMA nº 13/02, que reconhece as Resex como beneficiárias do PNRA;
• Norma de Execução nº 39/2004, que estabelece critérios e procedimentos ao serviço de Assessoria Técnica, Social e Ambiental à Reforma Agrária.
• Normas de Execução nº 43 e nº 44/2005, que estabelecem critérios, procedimentos e valores referentes à implantação de projetos de recuperação e conservação de recursos naturais em áreas de assentamento da reforma agrária.

http://www.incra.gov.br/index.php/reforma-agraria-2/projetos-e-programas-do-incra/gestao-ambiental