O controle da ferrugem é feita com a utilização de variedades resistentes ou por produtos químicos preventivos, curativos e preventivo-curativos. A doença é controlada com a adubação equilibrada, plantio de linhagens resistentes, fazer desbrotas e também consultar sempre um profissional quando aplicar produtos químicos. Outra doença do cafeeiro é a cercospora que ataca as folhas e frutos em desenvolvimento. Causada por um fungo, de denominações de cercosporiose, mancha de olho pardo, olho de pombo e olho pardo. Os sintomas característicos são manchas circulares de coloração castanho clara a escura, com o centro branco acinzentado, quase sempre envolvidas por um halo amarelado.

A phoma é uma doença causada por fungo, que tem a penetração facilitada por danos mecânicos nos tecidos da planta, produzidos por insetos ou pelo roçar de folhas tenras causado pelos ventos. Nas folhas novas causam manchas circulares de coloração escura e de tamanho variado. Quando as lesões atingem as bordas das folhas, elas se encurvam, podendo apresentar rachaduras. As lesões, ainda podem ocorrer nos botões florais, nas flores e nos frutos na fase de chumbinho, causando a morte e mumificação dos órgãos atacados. A ascochyta mancha aureolada tem sintomas semelhantes aos causados pela phoma. Os sintomas são mais evidentes nas folhas mais velhas, caracterizando-se por lesões escuras e com anéis concêntricos. Causa a queda prematura de folhas, frutos e seca dos ramos.

A mancha aureolada é causada por bactéria e pode ocorrer em mudas de viveiro e plantas adultas. Há a formação de um halo amarelo circundando as lesões. As áreas lesionadas normalmente desprendem-se das bordas das folhas, dando um aspecto rendilhado. Já as principais pragas são a broca, bicho mineiro, cigarra, nematoides e ácaro vermelho.  

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